江戸幕府の直轄領として、1746年（延享３年）に、水原城館跡に設置されたのが水原代官所。
年貢収納確保や民政などに関する執務を行った「公事場」や、犯罪者の取り調べを行った「白洲」など、かつての代官所平面図に基づき、平成７年８月に復元されました。

代官所の支配地は阿賀野市をはじめ、新潟市北区・新発田市・胎内市・聖籠町・岩船郡の一部など複雑に分布し、支配高は６～１０万石におよびました。
代官所の主な機能は年貢の徴収や民政ですが、特に水原代官所の場合はこの地方の豊かな生産力を背景にした年貢収納を確保することや、福島潟の開発、および新発田藩・村上藩の監視が主な目的でした。
水原代官所は以降22代まで続きましたが、1868年（慶応４年）３月戊辰戦争に伴い会津藩預かりとなり、その後西軍の侵攻により会津藩が退散したことによって同年７月に代官所は123年の幕を閉じましたのです。

昔の建物が完璧に復元されているというこで、近年、インスタ映えする撮影スポットとしても人気を集まています。

また、隣接するふるさと農業歴史資料館では農業資料、歴史資料の展示のほか、特産品販売コーナーがあります。